San Juan de la Cruz nace en 1542, en Fontiveros, un pequeño pueblo de Ávila, de economía agrícola y ganadera, con una pequeña industria de telares. Es el segundo de los tres hijos de Gonzalo de Yepes y Catalina Álvarez, modestos tejedores.

Pronto mueren su padre y el segundo de sus hermanos, probablemente a consecuencia de la crisis agraria y del hambre presente en Castilla por los años cuarenta del siglo XVI. La madre  intenta recabar ayuda de ciertos parientes toledanos, pero al serle negada se traslada a Arévalo, donde permanecen unos cuatro años, para posteriormente, en 1551, establecerse en Medina del Campo.

La infancia y adolescencia de Juan de Yepes se desenvuelven en un ambiente  de marcada pobreza, que podría calificarse de auténtica miseria. Estas duras circunstancias tienen como consecuencia la endeblez de su corta estructura física, a consecuencia de la desnutrición: Se cria el huérfano Juan de Yepes como pobre de solemnidad.

Recibe ayuda de instituciones de caridad, y así asiste al Colegio de los Niños de la Doctrina, ayudando en el convento, en Misa y a los Oficios, acompañando en los entierros y pidiendo lismosna.

En este centro, entre reformatorio y escuela de enseñanza primaria, recibe una preparación elemental, que le rescata del analfabetismo en que están inmersos todos sus familiares, permitiéndole proseguir su formación.

Compagina sus estudios trabajando en el hospital de Nuestra Señora de la Concepción de Medina, especializado en la curación de enfermedades venéreas contagiosas y conocido popularmente como el Hospital de las Bubas.

La vocación religiosa le lleva, con 21 años, a ingresar en los Carmelitas de Medina, con el nombre de Fray Juan de Santo Matía. Su vocación es claramente contemplativa y eremítica.

Ya como fraile, se instala en Salamanca, en cuya universidad salmantina realiza los tres cursos preceptivos para bachillerarse en Artes, durante los años 1564-1567.

Se ordena como sacerdote en la primavera de 1567, y se decide a ingresar en la Cartuja, orden eremítica alejada de la inestabilidad de su orden en un momento de reforma del Carmelo.

En medio de esta crisis se produce el decisivo encuentro con Santa Teresa de Jesús, en otoño de 1567 en Medina. La Madre fundadora, que proporciona su propio testimonio en las Fundaciones (3,16-17), le ofrece la alternativa de ayudarla en la reforma.

En agosto de 1568 abandona Salamanca para acompañar a Teresa de Jesús en su fundación femenina de Valladolid, en este viaje se familiariza con el nuevo talante de la reforma. Poco después funda el primer convento masculino de la orden del Carmelo Descalzo, según la Regla primitiva y no mitigada de la Orden del Carmen, el 28 de noviembre de 1568, ceremonia en la que cambia su nombre por el de  fray Juan de la Cruz.

En 1570 la fundación se traslada a Mancera, donde fray Juan desempeña el cargo de subprior y maestro de novicios.

En la primavera de 1572 Santa Teresa lo reclama como Vicario y confesor de las monjas de la Encarnación, donde permanece hasta diciembre de 1577, acompañando a Santa Teresa en la fundación de diversos conventos de Descalzas, como el de Segovia.

En este momento de la historia, confluyen dos directrices reformadoras: por un lado, la reforma del Rey Felipe II, y por otro, la reforma propugnada por los Papas. Los calzados, apoyados por el Papa, están empeñados en evitar la separación de la orden en dos grupos, mientras el Rey apoya a los descalzos para una reforma rápida y radical que les permita el rigor que ansían.

En 1575 el Capítulo General de los Carmelitas, reunido en Piacenza, envia un Visitador de la Orden para Calzados y Descalzos, el P. Jerónimo Tostado, con el objetivo de suprimir los conventos fundados sin licencia del General y de recluir a la Teresa de Jesús en un convento elegido por ella.

En este contexto, la noche del 3 de diciembre de 1577, Juan de la Cruz es apresado y trasladado al convento de frailes carmelitas de Toledo, donde comparece ante un tribunal de frailes calzados que le conmina a retractarse de la Reforma Teresiana. Al negarse, es declarado rebelde y contumaz.

Es encerrado en una oscura y angosta celda durante más de ocho meses. En un estado de abandono total, que a otros habría llevado a la locura, Juan de la Cruz escribe una grandísima poesía de amor:  las primeras 31 estrofas del Cántico Espiritual (el denominado protocántico), a la vez que los Romances y el poema de la «Fonte».

La presión psicológica por parte de los carceleros, las dudas sobre la licitud de la empresa teresiana, el sentimiento de desamparo, la angustia por el aparente olvido de los amigos (desconocedor de los desvelos de Santa Teresa y de sus gestiones en la corte), el profundo y progresivo desgaste físico unido al temor a una muerte no descartable en tales circunstancias son, sin duda, elementos determinantes para la concepción del mayor de sus símbolos literarios, el de la Noche Oscura. En este sentido, la prisión toledana, con su soledad y silencio extremos, potencian la fuerza generadora de la palabra poética.

Al cabo de estos meses, con el íntimo convencimiento de que nunca será liberado y de que la prolongación de su cautiverio sólo puede acarrearle un desenlace fatal y absurdo, Juan de la Cruz planea cuidadosamente su fuga, y logra evadirse de la prisión en medio de la noche y, a escondidas. Llega al convento de carmelitas descalzas, en la misma ciudad del Tajo, muy próximas a su prisión, y ellas le trasladan al Hospital de Santa Cruz, donde convalece mes y medio. Las incidencias de aquella huida nocturna, preñada de angustia, quedan como un poso latente en el poema de la Noche Oscura.

En septiembre de 1578 San Juan de la Cruz se dirige hacia Andalucía para reponerse y llega como Vicario al convento de El Calvario en la serranía jienense. Desde este enclave aislado y retirado de las tensiones entre calzados y descalzos, realiza regularmente visitas a las monjas descalzas de la fundación de Beas de Segura, de la que era priora Ana de Jesús. Entre ambos se desarrolla una entrañable amistad, que explica la dedicatoria de las Declaraciones al Cántico espiritual. En este entorno sosegado y relajante, en plena naturaleza, disfruta de una etapa de fecunda creatividad: Cautelas, Avisos, Montecillo de Perfección, el poema Noche oscura y comentarios aislados a las estrofas del Cántico.

Ya en  1580 se erige el Carmelo Descalzo como provincia exenta. Aunque no será hasta 1588 (muerta ya Santa Teresa) cuando logre ser Orden independiente.

El 28 de noviembre de 1581 tiene lugar en Ávila su último encuentro con Teresa de Jesús, en el que tratarán de la fundación de Granada y Burgos. Los cofundadores del carmelo no volverán a verse.

En enero de 1582 viaja a Granada, acompañado de Ana de Jesús. Allí traba conocimiento con Dña. Ana de Mercado y Peñalosa, dama segoviana viuda, favorecedora de las descalzas,  a quien Juan de la Cruz dedicaría la Llama de amor viva.

En marzo toma posesión del Priorato de los Mártires, donde permanecerá hasta 1588, el periodo más largo de su vida como religioso descalzo. En este convento situado a espaldas de la Alhambra y de Sierra Nevada, recibe la noticia de la muerte de la Madre Teresa en octubre de 1582. Se conserva aún en el actual Carmen de los Mártires un pequeño acueducto construido por el Santo, así como un cedro centenario que, según la tradición plantó él mismo.

Después de la muerte de Santa Teresa, ocurrida en 1582, se agrava la división entre los descalzos. San Juan apoyaba la política de moderación del provincial, Jerónimo de Castro, en tanto que el P. Nicolás Doria, era muy extremoso.

El P. Nicolás fue elegido provincial y el capítulo general nombró a Juan vicario de Andalucía. El santo se consagró a corregir ciertos abusos, especialmente los que procedían del hecho de que los frailes tuviesen que salir del monasterio a predicar. El santo opinaba que la vocación de los descalzos era esencialmente contemplativa. Ello provocó oposición contra él.

Las religiosas no aceptaron este cambio y la venerable Ana de Jesús, obtuvo de la Santa Sede un breve de confirmación de las constituciones, sin consultar al vicario general.

El P. Doria, que siempre había creído que el santo estaba aliado con sus enemigos, priva al santo de todos sus cargos y le envia como simple fraile al remoto convento de La Peñuela, donde se entrega por unos meses a la meditación y la oración en las montañas, «porque tengo menos materia de confesión cuando estoy entre las peñas que cuando estoy entre los hombres.»

Pero no acaban aquí las desventuras de San Juan de la Cruz. Siendo vicario provincial, San Juan, durante la visita al convento de Sevilla,  había restringido a dos frailes sus licencias de salir a predicar. Inicialmente se sometieron, pero más adelante prefirieron seguir la corriente adversa a Juan y algunos llegaron hasta quemar sus cartas para no caer en desgracia.

En medio de esa tempestad San Juan cayó enfermo. El provincial le mandó salir del convento de Peñuela y le dio a escoger entre el de Baeza y el de Ubeda. El primero de esos conventos estaba mejor provisto y tenía por superior a un amigo del santo. En el otro era superior el P. Francisco, a quien San Juan había corregido junto con el P. Diego. Escogió este segundo convento.

El viaje empeora su salud, aunque sobrelleva su estado con gran paciencia. El superior le trató inhumanamente, prohibiendo a los frailes que le visiten, cambiando al enfermero que le atiende con cariño, y permitiéndole sólo comer los alimentos ordinarios sin hacerle llegar los que le traían las visitas.

Después de tres meses de sufrimientos muy agudos, el santo falleció el 14 de diciembre de 1591.

La muerte del santo trajo consigo la revalorización de su vida y tanto el clero como los fieles acudieron en masa a sus funerales. Dios quiso que se despejaran las tinieblas y se viese su vida auténtica para edificación de muchas almas. Sus restos fueron trasladados a Segovia, pues en dicho convento había sido superior por última vez.

El 25 de enero de 1675 Clemente X promulgó el Breve de beatificación. El 27 de diciembre de 1726 fue canonizado por Benedicto XIII. El 24 de agosto de 1926, aniversario del comienzo de la Reforma teresiana, fue proclamado Doctor de la Iglesia Universal por Pío XI.

Santa Teresa había visto en Juan un alma muy pura, a la que Dios había comunicado grandes tesoros de luz y cuya inteligencia había sido enriquecida por el cielo. Los escritos del santo justifican plenamente este juicio de Santa Teresa, particularmente los poemas de la «Subida al Monte Carmelo», la «Noche Oscura del Alma», la «Llama Viva de Amor» y el «Cántico Espiritual», con sus respectivos comentarios. Así lo reconoció la Iglesia en 1926, al proclamar doctor a San Juan de la Cruz por sus obras Místicas.

La doctrina de San Juan se resume en el amor del sufrimiento y el completo abandono del alma en Dios. Ello le hizo muy duro consigo mismo; en cambio, con los otros era bueno, amable y condescendiente. Por otra parte, el santo no ignoraba ni temía las cosas materiales, puesto que dijo: «Las cosas naturales son siempre hermosas; son como las migajas de la mesa del Señor.»

San Juan de la Cruz vivió la renuncia completa que predicó tan persuasivamente. Pero a diferencia de otros menores que él, fue «libre, como libre es el espíritu de Dios». Su objetivo no era la negación y el vacío, sino la plenitud del amor divino y la unión sustancial del alma con Dios. «Reunió en sí mismo la luz extática de la Sabiduría Divina con la locura estremecida de Cristo despreciado».